freeeでは、勤怠項目に応じて設定することは可能ですが、
質問者さんの「指名数X単価」のような場合は、自動的計算してくれるような設定はできませんので、
●●手当の項目を作り、売上等の集計結果を計算し、その結果を「●●手当」としてを入れる方法になります