ご質問ありがとうございます。

もし、賞与ではなく、一般的な毎月発生するようなインセンティブ手当であれば、すべて「含める」になりますが、
今回のケースですと、年４回の賞与ということであれば、「社会保険料の計算」は「含めない」の方がよいかと思います。

「含める」としますとfreee人事労務上にて「算定基礎届」の書類をご作成される場合に影響があり、
年４回支給の手当は本来であれば特殊な方法で算定基礎届に計上していただく必要がありますが、
「含める」と設定されますと、本来とは違う形で自動計上された書面がfreee上で作成されることになります。

ただ算定基礎届のご対応をfreeeを用いずに書類作成される場合は上記は影響がない部分となります。