ご質問の件については、管理者側の対応になりますので下記ご参照くださいませ。

●対応方法
freeeログイン→従業員タブ→「入社処理の画面へ」ボタンを押す→対象者名を選択→右上の「入社手続き済みにす
る」ボタンを押す→これで解消されます。

※入社後、社会保険の手続き後、標準報酬決定通知書が発行されますので、
通知書に記載の報酬月額を確認し、freeeへ反映するようにしてください。