ご質問ありがとうございます。
返信が遅くなり申し訳ございません。

ご認識の通り、freeeのフレックスタイム制は不足時間の繰り越しは対応ができないため
もし、今後導入をご検討の場合には、大変ではありますが、設定上、「不足控除しない」にチェックをし、
実際に不足になった場合には、その時間を次月で調整していただく方法になるかと思います。

別で管理する必要があるため、自動化が出来ないといった意味では、フレックスの繰り越し機能がある勤怠システムの導入し、
freeeとの連携を取られた方が良いかもしれません。

弊社のお客様では、繰り越し制度を導入したお客様は管理が大変ということで数カ月で繰り越し制度を廃止しておりました。