二以上事業所勤務者の保険料は自動計算ができないため、下記の方法をお勧めです。
※ただし、注意事項もあるので、freeeのヘルプもご参照ください。

【方法】

●手順１
届いた決定通知書の適用年月の「翌月」を選択→従業員タブ→社会保険→決定通知書の「決定後の健康保険標準報酬月額」の額を選択（厚生年金も同様）→保存


●手順２
これでは、通常の保険料で計算されるため、さらに下記の流れが必要です。

「二以上事業所勤務被保険者標準報酬決定通知書」の保険料額のお知らせに記載されている金額は、本人負担・会社負担の合算額のため、折半した金額に計算し直し、
計算された保険料をもとに給与明細で直接編集をする必要があります。

給与明細タブ→対象者を選択→直接編集→健康保険料、介護保険料、厚生年金保険料を直接入力→「雇用保険料再計算」ボタン→「所得税再計算」ボタンを押す→保存

※子ども・子育て拠出金を入力する箇所がないため、全額会社負担のため、会計上で処理する必要があります。