freeeの年末調整を使わずに税理士が年末調整を計算した結果を反映されたいということですね？

その場合は、以下の流れで対応可能です。

【手順１】（添付１参照）
設定→手当・控除設定→控除→名称「年末調整」→添付１のように設定→追加

【手順２】
従業員タブ→給与反映対象月を選択→対象者を選択→控除→年末調整額を入力→保存　
※年末調整額が「還付」の場合は、金額の前に-（マイナス）を入れること。