考えられるのは、２つ。下記を試してみてください。

■１つ目：freeeの画面表示仕方が、支給日ベースになっているので、給与の支払い日が翌月になっている場合は、入社の翌月に表示されています。

■２つ目：入社を完了されていない可能性があります。下記の順で対応してみてください。
ホーム→「入社予定の従業員がいます。」の右の「入社処理の画面へ」→対象者を選択→入社手続き済みにする